|
О проекте Folding@home Группа PANDE , Факультет химии, Стэндфордский университет Группа Pande работает над теорией и моделированием сворачивания белков, РНК и синтетических полимеров в наносекундных-масштабах. Нами был разработан метод общей динамики и его применение в моделировании сворачивания белков, а также написан код клиентской и серверной частей проекта Folding@home. Члены группы, участвующие в проекте Folding@Home, перечислены ниже.
Бывшие члены группы
Мы бы также хотели поблагодарить следующие компании и агенства за их поддержку Folding@Home. Работа над моделью в отсутствии растворителя (Tinker) поддержана грантом Национального Института Здоровья (R01GM62868-01). Работа с ядром Gromacs (наши исследования роли воды в процессе сворачивания белков) была поддержана грантом Национального Научного Фонда (NSF). Поддержка нашей работы над сравнением силовых полей осуществлялась ACS PRF (36028-AC4). Поддержка образовательных страниц: NSF MRSEC CPIMA (DMR-9808677), который оплатил работу учителя Тага Сезена из Freedom High School, в течение лета создававшего курс обучения, основанный на Folding@Home, а также web часть этого курса.
Недавно мы получили щедрый подарок от Dell в виде скидок на компьютерную технику, что позволит нам переоборудовать серверный парк Folding@Home. Мы бы также хотели поблагодарить Google за их поддержку в виде Программы вычислений Google. Мы также выражаем благодарность компании Intel за помощь оказанную в рамках программы Intel Philanthropic Peer-to-peer Program. Также мы хотели бы поблагодарить компанию Apple за постоянную поддержку, особенно в области разработки клиента и ядра Gromacs для OS X. Наконец, мы хотим поблагодарить Стэндфордский Университет за поддержку проекта Folding@Home посредством грантов программ Internet 2 program, Office of Technological Licensing, а также награда Terman Fellowship профессору Панде.
Проект Cosm внес весомый вклад в Folding@home в виде разработки сетевой библиотеки (Mithral CS-SDK), использованной при написании клиентского и серверного кода. Основная движущая сила проекта Cosm - Adam Beberg, а также несколько человек, работающих над ним.
Часть кода Folding@Home, созданная для изучения динамики белков, является модифицированной версией ядра TINKER - мощной программы молекулярной динамики, написанной в лаборатории Jay Ponder's (факультет Биохимии и Молекулярной Биофизики Медицинской Школы Университета им. Вашингтона, Ст. Льюисе, Миссури (Washington University School of Medicine in St. Louis, Missouri)). Беспрестанно проводимая ими работа по совершенствованию этого кода, в том числе и значительное увеличение скорости в последующей версии, выльется в дальнейший прогресс проекта Folding@home. О более детальной информации можно узнать на его сайте. Если вы хотите использовать код "Тинкера" для своих целей - прочитать лицензионное соглашение и скачать код можно тут.
Недавно мы подключили к проекту серьезно модифицированный нами пакет молекулярного моделирования Gromacs. Мы продолжаем совместную работу с разработчиками Gromacs с целью дальнейшего улучшения этого ядра. Для более детальной информации посетите нашу страницу Gromacs.
Вакансии: должности научных сотрудников Интересуетесь моделированием и теорией биологических молекул? Имеете докторскую степень по физике, химии, структурной биологии или в родственной области? Знакомы с СИ, Фортраном, Перлом, HTML и Линуксом? Если Вы ответили утвердительно на все эти вопросы, то у нас имеется несколько вакансий в группе Pande (в Стэндфордском Университете) для работы в Folding@home и связанных проектах. Пожалуйста пришлите свое краткое жизнеописание или CV профессору Pande.
Наш логотип - абстрактное представление нашей цели: пройти от последовательности белков, закодированной в геноме, до структуры белка. Двойная спираль слева обозначает геном (ДНК является двойной спиралевидной молекулой), стрелки справа являются представлением структуры белка (структура "ß-складка" часто изображается в виде лент, оканчивающихся стрелками).
Недавно мы обновили дизайн:
Спасибо Марку Лоуи (Mark Lowe) за помощь в создании логотипа и редизайне сайта.
Наш скринсейвер показывает моделируемую молекулу в реальном времени. Рисуемая молекула - текущая атомарная конфигурация ("fold") моделируемого на Вашем компьютере белка. Круговая диаграмма слева показывает, сколько процентов задания сделано на данный момент Существуют четыре режима визуализации: Space-filling, ball-and-stick, wireframe и alpha-trace. В режиме ball-and-stick каждый маленький шарик представляет атом, а "палочки" представляют связи между атомами. В режиме space-filling каждая заполненная сфера представляет примерный объем, занимаемый электронами вокруг ядра атома. В режиме wireframe рисуются только связи с разноцветными вершинами для распознавания типов атомов. Во всех режимах кроме alpha-trace атомы углерода темно-серые, атомы водорода светло-серые (некоторые атомы водорода вообще не рисуются), атомы кислорода рисуются красным цветом, атомы азота рисуются синим, и, наконец, атомы серы окрашены а желтый. В режиме alpha-trace показывается только один атом каждого аминокислотного остатка (углерод в альфа положении), чтобы акцентировать внимание на общей форме пептида или белка. |
