Разработчиками Folding@Home (главным образом Янг Мин Ри (Young Min Rhee)) внедрен новый метод молекулярной динамики в Folding@Home.
Этот FAQ создан по единому образцу с Gromacs FAQ.

1. Потребуются ли от меня какие-либо дополнительные действия, как от участника Folding@Home? Нет. Для участников Folding@Home не появится никаких изменений в действиях, апдейт произойдет автоматически.
   
   
2. Каковы особенности ядра QMD? В других пакетах молекулярного динамического моделирования взаимодействия между атомами описываются эмпирической потенциальной энергией (“сближение силовых полей”), что является аналитической функцией координат атомов. В ядре QMD не учитываются силовые поля, атомное взаимодействие рассчитывается благодаря использованию квантового химического метода либо с использованием уравнения Шрёдингера (Schrödinger).
   
   
3. Какая программа была использована в ядре QMD? Это ядро использует программу CPMD, модифицированную для использования в суперкластерной среде Folding@Home.
   
   
4. Какие выгоды дает использование QMD?? Прежде всего - достаточно интересные факты для ученых, изучающих результаты работы Folding@Home. При условии аккуратного выполнения квантовое химическое уравнение дает очень достоверное представление потенциальной энергии. Кроме того, в него свободно могут быть добавлены взаимодействия между несколькими телами. В сближении силовых полей подобные взаимодействия обычно рассчитываются через поляризуемость.
   
   
5. Если это дает настолько достоверные результаты, почему вы не использовали это с самого начала? Самая большая проблема квантового химического метода - это его скорость и зависимость от объема памяти. Проще говоря, точные методы расчетов обычно требуют больше машинного времени и памяти. Достаточные для этого вычислительные мощности появились лишь очень недавно.
   
   
6. Если эти расчеты будут медленными, будет ли это означать, что участники рискуют получить меньше очков? Нет, очки в статистике по прежнему будут начисляться на основе бенчмаркинга процессора, поэтому скорость расчетов не окажет негативного влияния на вашу статистику.
   
   
7. Сколько памяти необходимо для этого? Объем требуемой памяти будет сильно зависеть от молекулярной системы, но для многих систем потребуется более 512 MB. Мы планируем также моделирование некоторых систем, потребующих 1GB памяти, или даже больше.
   
   
8. Будет ли поддерживаться SIMD (SSE/SSE2/3D-Now)? Для ядра QMD необходима лишь двойная точность, поэтому видимая польза будет только от SSE2. В настоящее время поддерживается Intel Pentium 4 SSE2, и вскоре планируется добавление AMD Athlon64 SSE2.
   
   
9. Будет ли поддерживаться Mac OS X? Мы планируем добавление OS X сразу после достижения стабильной работы Windows и Linux портов. В настоящее время мы подыскиваем наилучший компилятор FORTRAN 90 для OS X.
   
   
10. Что будет с другими ядрами, используемыми в настоящий момент? Другие ядра будут продолжать использоваться в большинстве расчетов. На самом деле, область, изучаемая с помощью ядра QMD, очень отличается от других. (In terms of size)
    
    
11. Я хотел бы узнать больше о CPMD. Где я могу найти материалы? Для начала, загляните на главную страницу программы CPMD. Кроме тогго, общая теория данной программы была первоначально описана в следующем издании: R. Car and M. Parrinello, Phys. Rev. Lett. 55, 2471-2474 (1985).

дата последней редакции - 28.02.05