Главная

Скачать

FAQ

Помощь!

Образование

Новости

Статистика

Наука

Результаты

Статьи

Пресса

Награды

О проекте

О переводе

 

Folding@Home with AMBER FAQ

Разработчики Folding@Home (в основном Джим Кэлдвелл (Jim Caldwell) и Янг Мин Ри (Young Min Rhee) вели совместную работу с командой, разработавшей AMBER (участником которой в течение долгого времени являлся Jim Caldwell) по внедрению AMBER в Folding@Home. Этот FAQ составлен по форме, принятой в Gromacs FAQ.

  1. Я уже участвую в Folding@Home. Должен ли я что-нибудь делать в связи с появлением AMBER? Нет. Для участников Folding@Home не появится никаких новых действий, апдейт произойдет автоматически.

  2. В чем смысл добавления AMBER? Что это даст? Для научных работников, использующих результаты Folding@Home, эффект нововведения окажется весьма впечатляющим. Для вычислений GB/SA (подробности см. на странице AMBER GB), AMBER даст заметный выигрыш по сравнению с кодом GB/SA, использующимся в Folding@Home в настоящее время (текущий код основан на ядре "Тинкер", написанном Джеем Пондером (Jay Ponder)), в особенности крупным окажется прирост (возможно до 5-кратного) скорости расчета. Применение AMBER существенно увеличит возможности Folding@Home во многих видах расчетов. Кроме того, AMBER дает увеличение не только скорости, но также и новую функциональность вычислений поляризуемых силовых полей (которой невозможно достичь с ядром Gromacs или с текущей версией Tinker - 3.8).

  3. Если вычисления будут быстрее, будут ли участники получать больше очков? Очень жаль, но система начисления очков по-прежнему будет базироваться на показателях бенчмаркинга процессора, поэтому на ваших результатах это не отразится.

  4. Что позволило ядру AMBER дать такой заметный прирост? Код GB/SA, примененный в AMBER, является более свежим и оптимизированным, чем Tinker. Gromacs вообще не имеет функциональности GB/SA.

  5. Поддерживаются ли технологии SSE/3D-Now/Altivec? В настоящее время SSE and SSE2 не подерживаются. AMBER работает с двойной точностью, поэтому SSE бесполезен. SSE2 может оказаться более полезным, но не позволит достичь заметного прироста скорости расчетов. Нашей первоочередной целью являлось достижение стабильности в работе AMBER, и лишь после этого мы планируем дальнейшую оптимизацию под SSE2. Тем не менее, по нашим расчетам это может принести не более 10% увеличения скорости.

  6. Будет ли поддерживаться Mac OS X? Мы собираемся добавить поддержку OS X сразу же после того, как убедимся в стабильной работе Win и Lin портов. В настоящее время мы подбираем наилучший вариант компилятора FORTRAN 90 под OS X.

  7. Почему вы не использовали AMBER раньше? Его код был совсем недавно переписан на FORTRAN 90, что обеспечило более его удобную компиляцию под Windows. Кроме того, Jim Caldwell, опытный разработчик AMBER, также только недавно присоединился к команде FAH.

  8. Получается, что текущий научный код всё это время замедлял ход исследований? Нет. Быстрый код GB/SA появился в AMBER совсем недавно, так что использование AMBER до этого не принесло бы такого заметного преимущества по сравнению с нашим кодом.

  9. Что произойдет с ядрами, использующимися при расчетах в настоящее время? Мы продолжим проводить болшинство вычислений на Gromacs. Но, тем не менее, как мы ожидаем, AMBER возьмет на себя большинство вычислений, начатых в свое время на Tinker.

  10. Существует ли какая-либо оплата за использование AMBER? FAH получено разрешение, данное Дэйвом Кейсом (Dave Case, Scripps) на использование AMBER в рамках программы FAH, поэтому участники FAH не должны ничего платить. Однако, если кто-либо посчитает необходимым использовать AMBER в целях своих собственных исследований (т.е. не для запуска FAH, а с какой-либо другой целью), то это использование будет платным. Ядро AMBER, используемое в FAH, настроено только для обработки вычислений FAH и не может быть использовано для других предназначений.

  11. Какие модификации вы планируете вносить в AMBER? Будут ли они предоставлены для общего доступа? Когда их можно будет увидеть? Все изменения кода AMBER производятся исключительно с целью улучшения совместной работы AMBER и FAH. Весь код изменений будет полностью предоставлен разработчикам AMBER, но, скорее всего, не будет включен в их дистрибутивы.

  12. Я хотел бы узнать больше о AMBER. Где я могу найти информацию? Начвните с веб-сайта AMBER . Кроме того, достаточно неплохой обзор кода Amber можно найти в следующем издании: D.A. Pearlman, D.A. Case, J.W. Caldwell, W.R. Ross, T.E. Cheatham, III, S. DeBolt, D. Ferguson, G. Seibel and P. Kollman. AMBER, a computer program for applying molecular mechanics, normal mode analysis, molecular dynamics and free energy calculations to elucidate the structures and energies of molecules. Comp. Phys. Commun. 91, 1-41 (1995).
    Обзор силовых полей протеинов Amber и их развития: J.W. Ponder and D.A. Case. Force fields for protein simulations. Adv. Prot. Chem. 66, 27-85 (2003).
    Несложная информация о ядерных кислотах дается у T.E. Cheatham, III and M.A. Young. Molecular dynamics simulation of nucleic acids: Successes, limitations and promise. Biopolymers 56, 232-256 (2001).

updated on November 11, 2004

 
 
(c) 2000-2004 Vijay Pande and Stanford University